En términos generales, la multiafiliación se presenta cuando la persona realiza un traslado de régimen pensional sin cumplir con los términos mínimos de permanencia exigidos por la ley.

La Ley 100 de 1993 inicialmente señaló que los afiliados debían permanecer como mínimo tres (3) años en el régimen pensional seleccionado de manera libre y voluntaria (Régimen de Prima Media o Régimen de Ahorro Individual) y una vez vencido este término podían solicitar un traslado de régimen si esa era su voluntad. La Ley 797 de 2003 aumentó este periodo mínimo a cinco (5) años

Si el traslado de un afiliado no se hizo con sujeción a estos términos mínimos de permanencia, produce inmediatamente una situación de Multiafiliación, razón por la cual la persona queda afiliada tanto al ISS como a la AFP.

También existen otras causas que pueden generar la situación de multiafiliación como puede ser que al momento de seleccionar el régimen pensional el afiliado enseñe un número o tipo de identificación determinado y posteriormente, al momento de realizar un traslado presenta un número o tipo de identificación diferente (por ejemplo, se afilió con tarjeta de identidad y luego con cédula de ciudadanía)

El Decreto 3995 de 2008, consagra criterios para identificar y resolver la situación de multiafiliación.

Según estos parámetros será válida:

1. La vinculación efectuada en la administradora en la que la persona haya realizado el mayor número de cotizaciones entre el 1° de julio y el 31 de diciembre de 2007.
2. Si no se hicieron cotizaciones entre el 1° de julio y el 31 de diciembre de 2007, será válida la vinculación efectuada en la administradora que haya recibido la última cotización con anterioridad a este período.
3. Si se hicieron el mismo número de cotizaciones en ambos regímenes entre el 1° de julio y el 31 de diciembre de 2007, será válida la última vinculación efectuada dentro de los términos legales.

Lo anterior significa entonces, que la persona que esté multivinculada, se quedará en la administradora (ISS o Fondo de Pensiones) donde fueron consignados la mayoría de sus aportes entre el 1º de julio de 2007 y el 31 de diciembre del mismo año. Si en este lapso de tiempo no tuvo aportes, se quedará donde haya sido realizado el último aporte para pensiones anterior a esa fecha.